とある暗い部屋では、ゴリラさんによる怪しげな催眠術講座が行われていた。ゴリラいわく、機械と生物の融合体となった彼らは、今までのようにはトランスフォーム（変身）できないらしい。講義を聞いてチータス、ブラックウィドーは新たなトランスフォームに成功する。ラットルはトランスフォームできなかった。そこに、敵襲。コンボイさんは新しい基地を探すことにする。彼らはチータス・ウィドー組と、コンボイ・ラットル組に分かれる事にした。

　さて、ウィドー組はこっそり仲間を探しにかかる。しかし、街はゴーストタウン状態。ブラックウィドーはデータ中枢にアクセスしてみるが、記録が全部削除されていることを知り驚愕する。そこに、またも敵襲。コンボイさんらも合流して戦いになり、ゴリラは腕を光らせてビームを出す。（もう何でもありのボディとみました。）結果、敵を倒したコンボイさんは、街に誰もいなくなったのはウイルスのせいと（何故か）断定。そしてこれまた何故か、「セイバートロン議会」へ向かうことにした。

　仲間が援護している間に、ゴリラさんはひとり議会の建物に入る。プレートの浮遊する内部に入り、先へ進むと…。天井から蛇が。じゃなかったのれんが。じゃなかったところてん…。いやいや、その実体はメガトロン。みの虫カプセルに入ったメガトロンが、管をいっぱい下げて降りてきたのだ！

　メガトロンは、『スパーク（魂のようなもの）のない、エレガントなマシーンによって統一されることが、テクノロジーのあるべき姿』という理想を（いつの間にか）抱いていて、ビーコンたちを率い、セイバートロン星を支配下に置いていたのだった。そして、ビーストモードを持つ邪魔者こと、コンボイさんら「お笑い劇団」を倒して星を完全に支配しようとする。しかし、チータスらが逆にマシーンを倒していくさまを見て、頭蓋骨にぱーんと怒りが到達。とたんにメガトロンはビーコンをコントロールできなくなる。それを見て揶揄するコンボイさん。性格悪いぞ！

　もっともメガトロンも負けてはおらず、腹いせに（？）何千万のトランスフォーマーのスパークは消え去ったのだと告げる。これにはさすがの無茶ゴリラも仰天。さらに多くのビーコン軍団が呼び寄せられ、残りのサイバトロン達も駆けつけて、両者は激しい戦いとなる。敵の多さにいったんサイバトロンは退こうとするが、ゴリラだけは動きたがらない。結局チータスがバナナを買ってあげるからと何とか穴から押し出し、彼らは逃げ出すのだった。